История Свято-Николаевского собора драматична. Документальные источники свидетельствуют о временных вехах собора.
Известно, что поводом для постройки городской церкви стало то, что в Спасо-Преображенском соборе не было достаточно места, чтобы вместить всех православных.
Не один год горожане собирали средства для строительства городской церкви. И вот, в начале 70-х годов XIX века, в г. Болграде, возле Базарной площади, была заложена однопрестольная церковь во имя Святителя Николая. Из документов Кишиневского архива достоверно известно, что в 1881 году она была освящена епископом Кишиневским.
Многие годы храм оставался центром духовной жизни. Но в 1953 году его постигла судьба тысяч духовных святынь – он был закрыт. Известно, что в последние годы священником был протоиерей Василий, помогал ему диакон Иоанн. В закрытии участвовал также староста церкви Христофор. После закрытия здание долгое время не трогали, а затем пришла мысль открыть здесь районную библиотеку.
Идея не была воплощена в жизнь, но произошедшее потом останется позорным пятном в истории нашего города еще на многие годы. Храм был опустошен, церковная библиотека – уничтожена. В начале 60-х годов прошлого века варварски были сброшены кресты и колокола. Церковь была обезглавлена. Людям не хватило мужества противостоять безбожной коммунистической машине. Старожилы вспоминают, что когда снимали кресты, казалось, воздух Болграда был пропитан страхом и ужасом от происходящего.
Позднее здание церкви было передано как склад в руки городской организации «Смешторг». Склад просуществовал до 1983 года. После пожара, уничтожившего крышу церкви, здание долге годы было заброшено.
Вторую жизнь вдохнул в Свято-Николаевскую церковь его настоятель Стефан Турлак.
Митрополит Агафангел, оказывавший всяческую помощь в реставрации храма, неоднократно вспоминал: «Когда я впервые посетил собор, то был настолько поражен мерзостью запустения на этом святом месте, что невольно слезы выступили на глазах. Я подумал, что пройдет много времени, чтобы восстановить этот собор. И вот перед нами Господь молитвами святителя Николая, трудами отца настоятеля обнаружил чудо: собор возродился из руин и как зримо чудо Божьей милости к жителям этого города».
В 2011 году, 18 декабря, по распоряжению Высокопреосвященнейшего Агафангела, митрополита Одесского и Измаильского Свято-Николаевская церковь приобрела статус собора, в этот день десять лет назад, при большом скоплении людей был освящен престол восстановленного собора.
В 2018 году было еще одно важное событие – были освящены колокола Свято-Николаевского собора.
Сегодня, 18 декабря, храм отпраздновал 140-летие и 10-летие со дня приобретения статуса собора. В этот день в храме прошла праздничная литургия, которую возглавил Высокопреосвященнейший Агафангел, митрополит Одесский и Измаильский.